Ông được trao tặng Huân chương Mặt Trời MọcChính phủ Nhật Bản đã quyết định in chân dung của ông lên mệnh giá 1000 yên Nhật để vinh danh những công lao đóng góp của ông.Tên ông còn được đặt cho giải thưởng Noguchi Hideyo châu Phi như một giải thưởng dành cho nghiên cứu và dịch vụ y tế sau chuyến thăm của thủ tướng Nhật Bản Koizumi Junichiro vào tháng 5 năm 2006 và cũng như kỷ niệm 80 ngày mất của bác sĩ Noguchi Hideyo.